Potrivit publicației sârbe Blic, un predecesor îndepărtat al jocului datează din secolul al XVIII-lea. Matematicianul elvețian Leonhard Euler a studiat așa-numitele pătrate latine. Sunt grile în care același simbol nu se repetă într-un rând sau într-o coloană.
Versiunea modernă a fost concepută însă de un american, Howard Garns, arhitect pensionat din Indiana. Puzzle-ul său a apărut în 1979 în revista americană „Dell Pencil Puzzles and Word Games”, sub titlul „Number Place”.
Ideea de bază este cea pe care o știe oricine joacă Sudoku astăzi. Numerele de la 1 la 9 nu se pot repeta într-un rând, într-o coloană sau într-un pătrat de 3×3. Grila conține nouă astfel de pătrate.
Momentul decisiv a venit în 1984, când editura japoneză Nikoli a început să publice puzzle-ul. În Japonia, jocul a primit un nume derivat dintr-o expresie care s-ar traduce aproximativ prin „cifrele trebuie să rămână separate”. Numele a fost scurtat ulterior, iar așa a apărut „sudoku”.
Jocul nu își are originea în Japonia, dar numele japonez a devenit cunoscut în toată lumea.
Wayne Gould, neozeelandez și fost judecător, locuia în Hong Kong. El este în mare măsură responsabil pentru succesul global al jocului.
Gould a creat un program de calculator care generează automat Sudoku. Le-a oferit apoi ziarului britanic „The Times”, care a început să le publice în noiembrie 2004.
A urmat un adevărat boom. Până în 2005, Sudoku apărea în ziarele din întreaga lume. Curând au urmat cărți, reviste de specialitate, aplicații și versiuni online ale jocului.
Numărul grilelor completate corect este aproape de neimaginat. Matematicienii Bertram Felgenhauer și Frazer Jarvis au calculat că există 6.670.903.752.021.072.936.960 de grile.
O echipă condusă de matematicianul irlandez Gary McGuire a demonstrat în 2012 o altă limită. Un Sudoku cu o singură soluție trebuie să aibă cel puțin 17 numere prestabilite. Cu doar 16 numere inițiale, un astfel de puzzle nu poate avea o soluție unică.